Nároky a rizika přechodu mezi oběma stupni základního vzdělání mohou být podceněna, neboť většina českých žáků absolvuje celé základní vzdělávání v jedné škole. Vstup na druhý stupeň často probíhá v době nástupu dospívání, a může být proto spouštěcím okamžikem, kdy se začne zásadně (negativně a trvale) měnit postoj žáků ke škole, jejich prospěch nebo chování. Nemalá skupina žáků po absolvování prvního stupně v neúplně organizované škole přechází do jiné školy, nezřídka musí dojíždět apod., což jim dále tuto změnu komplikuje. Jde tedy o přechod náročný pro všechny žáky, ale žáci se speciálními vzdělávacími potřebami jsou zvláště ohroženi.
Smyslem nabízených metodických doporučení je poskytnout vedení škol náměty pro podporu žáků při přechodu z 1. na 2. stupeň ZŠ. Způsob a míra jejich realizace by měly zohledňovat specifické podmínky konkrétní školy a jsou v kompetenci ředitelky/ředitele školy.