Na Gymnáziu Přírodní škola funguje specifický systém rozdělení tříd, který následně přímo souvisí s prací samosprávy – každá třída je již v primě rozdělena na čtyři kruhy, z nichž každý si ze svého středu volí kapitána (který je radním Studentské rady). Kruhy fungují jednak jako organizační jednotka (například při výjezdech mimo školu), jednak při skupinovém zkoušení apod.
Kapitáni se scházejí prostřednictvím kapitanátu, buď periodicky ve škole, nebo při výjezdech zpravidla každý večer a na konci (specifická situace je při čtrnáctidenním projektu Expedice, kdy se kapitanát schází každý společný večer, který je ale za celý výjezd pouze dvakrát). Kapitanát je v době běžné výuky zároveň Studentskou radou, která si volí předsedu.
Studentská rada je zastupitelským orgánem všech žáků, ale zodpovídá se Školnímu shromáždění – tedy setkání všech žáků, učitelů a členů vedení. To může jako jediné odvolat předsedu Studentské rady a tím vyvolat nové volby. Členové Studentské rady se mohou, pokud se nejedná o vážné kázeňské problémy či klasifikaci, účastnit jednání pedagogické rady, pedagogové se zase účastní – bez hlasovacího práva – jednání Studentské rady. Novinkou od minulého roku je společné zasedání pedagogické a Studentské rady. To vzešlo, jak uvádí jeden z iniciátorů, z podnětu žáků: „A na tom jsme se ve výsledku shodli i s učiteli, potom, co jsme nadnesli, že by bylo fajn to udělat. Osvědčilo se to, tak jsme to ještě zopakovali během roku, oproti těm, které byly plánované. A teď už se to zavedlo, bere se to jako samozřejmost a už se to i předem plánuje do kalendáře.“
Jeden z vyučujících má přímo na starosti fungování Studentské rady. Ke své činnosti uvádí: „Sleduji její činnost, účastním se všech jednání (kromě těch uzavřených), vyhodnocuji účast učitelů na jednání a tvořím jakýsi článek mezi studentskou samosprávou a pedagogickou radou.“
Od roku 2016 je zavedena také Etická komise, která slouží pro řešení problémů mezi žáky (příloha č. 3). Každá třída si do Etické komise volí svého zástupce a součástí komise je také vyučující. Ten ale figuruje pouze jako mediátor, nemá při jednání rozhodující hlas. K činnosti Etické komise uvádí: „Největší přínos vidím v možnosti, že když se někomu něco nelíbí (třeba chování spolužáka, urážky, nepořádek ve třídě apod.), má možnost si to s dotyčným za mediace Etické komise říci a pojmenovat, v čem je tzv. problém. Zachycujeme tak v počátečním stadiu situace, které by mohly – v případě, že se jim nebudeme věnovat – přerůst ve vážnější konflikty. Etická komise je nástroj, který svými rozhodnutími stvrzuje a připomíná pravidla fungování školní komunity a vyjadřuje podporu těm, kteří je chtějí aktivně naplňovat. Ten, kdo pravidla porušuje, současně dostává včas korektiv svého jednání a v rámci prevence doufáme, že díky tomu nebude nutné uplatňovat další formální sankce (třeba poznámky apod.). Tresty jsou alternativní (např. pomoci s úklidem školy). V několika případech se nám podařilo díky mediaci odhalit, že to, co vnímají starší žáci jako pošťuchování, může těm mladším působit nepříjemné pocity. Skvěle působí funkce na samotné žáky, kteří jsou do Etické komise zvoleni – přijímají odpovědnost a někteří se začínají rázem chovat více zodpovědně. Např. žák, který byl několikrát předvolán na komisi, se po zvolení členem stal jejím schopným předsedou.“
Mimo tyto struktury funguje, a za zmínku stojí, osoba dispečera. To je žák, který má na starosti běh dne – ve škole svolává Společňák (tedy informační setkání všech žáků – pozor, nejedná se o Školní shromáždění) a při výjezdech mimo školu organizuje běh dne. Například se stará o dodržování organizačních časů, s učiteli koordinuje jednotlivé výukové a programové bloky a zodpovídá za hladký průběh dne. Dispečerem se může stát kdokoli, nezávisle na příslušnosti k výše uvedeným strukturám. Žák si tak vyzkouší v jiné formě práci se zodpovědností a také „učitelskou úlohu“. V minulosti bylo opakovaně pozice dispečera využito také velmi originální formou k „nápravě“ žáků s kázeňskými problémy, kterým zpravidla tato zkušenost pomohla lépe pracovat se sebou samými (příloha č. 2). Role dispečera plní také další funkci – umožňuje uplatnění i těm žákům, kteří nebyli zvoleni v daném školním roce kapitány, ale přesto se chtějí aktivně podílet na samosprávě školy. Tímto způsobem se mohou zapojit a také rozvíjet své kompetence a schopnosti (a díky osvědčení se být v dalším roce zvoleni kapitány).
Úloha Studentské rady byla zakotvena od založení školy v roce 1993 v její Ústavě, tedy základním dokumentu, a rada je tak od začátku fungování školy její nedílnou součástí. V prvních letech fungování pak často plnila podstatně větší organizační roli a částečně také suplovala to, co zpravidla dělá pedagogický sbor (například ve věci kázeňských opatření). V inspiraci metodami A. S. Makarenka a Janusze Korczaka v minulosti také řešila kázeňská opatření a ukládala tresty za nevhodné chování – nikoliv na úrovni napomenutí či třídních důtek, ale ukládala například veřejně prospěšné práce pro školu či plnila roli smírčího soudu. Podobnou funkci od roku 2015 plní výše zmíněná Etická komise.
V historii školy se ukazovala proměnlivá role Studentské rady, respektive způsob, jakým fungovala. Jedním z faktorů, který výrazně ovlivňuje a ovlivňoval efektivitu jejího fungování je, dle rozhovorů s jednotlivými aktéry, samotná osoba předsedy a to, jak dokáže nastolovat agendu a komunikovat jak s pedagogickým sborem, tak především se zbytkem školní komunity. To je samo o sobě velmi zajímavým zjištěním, jelikož to ukazuje nezávislost Studentské rady na přání vyučujících nebo vedení školy. Fungování rady se tak často pohybuje na pomyslné sinusoidě. Tu popisuje jeden ze současných radních: „Teď vnímám, že ta Studentská rada funguje líp než před dvěma rokama a je to asi tím, že se víc snažíme komunikovat se zbytkem školy, je tam víc témat, která řešíme. Taky je to určitě ovlivněné zájmem lidí, co jsou ve Studentské radě, jejich aktivitou a chutí tu radu posouvat dál a něco v ní dělat.“
Vyučující, který pravidelně na jednání Studentské rady několik let dochází, k tomu uvádí: „Vzhledem k zaměření Přírodní školy na projektovou a badatelskou výuku je zapojení samosprávy mnohem přirozenější a není potřeba složitě hledat témata, která by měla samospráva řešit. Samozřejmě nebyla vždy situace ideální. V některých dobách studenti nebyli moc aktivní a neměli zájem o „práci navíc“ pro školu a pro studenty. Proto se podoba samosprávy měnila a současný stav není nějakým ideálním modelem, ten spíš ještě hledáme. Ale je otázka, jestli vůbec nějaký ideální model existuje.“
Před několika lety ale nastal moment, kdy se žáci jedné třídy aktivizovali proti zavedení Hejného metody jedním z nových učitelů a opakovaně po škole demonstrovali s heslem Ne Metodě! (jednalo se o sekundu, která byla v primě vzdělávána klasickou metodou, u primy tento problém nenastal). Tato iniciativa vzešla od konkrétní třídy, která se s problémem obrátila právě na Studentskou radu. Rada se stala moderátorem a navrhla, ať žáci sepíší své výhrady a návrhy na změnu, nad kterými je možné s vyučujícím diskutovat. Vyučující byl také pozván na Studentskou radu, kde s ním zástupci tyto požadavky řešili a následně došlo ke zlepšení situace. Po pololetí se nicméně vyučující rozhodl ze školy odejít.
Jak bylo uvedeno výše, pedagogický sbor nemá přímou možnost ovlivňovat činnost a rozhodnutí Studentské rady. Jedinou výjimkou je právo veta, které má ředitel školy, nebo dvě třetiny pedagogické rady při hlasování. Tato situace nastala v historii pouze dvakrát. Poprvé to bylo v prvním nebo druhém roce existence školy. V této době Studentská rada hodnotila i chování žáků a měla vlastní systém hodnocení jejich chování. Veto ředitele bylo použito na poměrně přísné hodnocení s možnými dalšími následky. Zde bylo právo veta využito především proto, že navržený trest by měl vážné následky na studium žáka a že se v tomto hodnocení hodně promítaly osobní vztahy žáků.
Podruhé bylo použito v době, kdy na jednání prosadili žáci odhlasování zrušení ranního společného shromáždění, což je důležitý prvek života školy. Toto rozhodnutí bylo vetováno ředitelem. Je otázka, zda by v tomto případě nebylo vhodnější (z hlediska „dělby moci“) využít nástroj Společného shromáždění jako nejvyššího orgánu samosprávy, namísto direktivního veta. Od té doby veto použito nebylo.